在我們食品微生物檢測過程中，除了我們知道要檢測的目標(biāo)微生物之外，往往會出現(xiàn)一些和目標(biāo)微生物表現(xiàn)不一，但你又想知道它是什么菌屬的情況，特別是對于一些生產(chǎn)企業(yè)，有時候往往會懷疑是否是因為這個 “非目標(biāo)菌”的存在，從而影響到了產(chǎn)品質(zhì)量。
那怎么去鑒定那些“非目標(biāo)”微生物呢？又有哪些方法和手段可以采用呢？
下面就跟隨小王，來了解下我們食品微生物檢測中常用的一些鑒定手段！
傳統(tǒng)的細(xì)菌系統(tǒng)分類，也就是常說的鑒定，通常是通過純培養(yǎng)分離后從形態(tài)學(xué)、生理生化反應(yīng)特征以及免疫學(xué)特性（血清學(xué)分析）進行鑒定。這也是我們目前國標(biāo)中最常用的鑒定手段，這種方法的優(yōu)點就是所用試劑簡單易得，常規(guī)實驗室即可展開，經(jīng)濟實用，缺點呢，就是鑒定所需時間較長，且容易判斷不準(zhǔn)確。
用這種方法，要先進行革蘭氏染色，從鏡檢分析其可能的微生物種屬，再根據(jù)判斷結(jié)果，按照《伯杰氏手冊》上的生化項目進行實驗，最終確定其可能的微生物種屬。比如，鏡檢是革蘭氏陽性桿菌，且周圍或菌體頂端有芽孢產(chǎn)生，這時候我們就要往芽孢桿菌的方向去進行生理生化鑒定。
全自動微生物鑒定系統(tǒng)，比如我們常見的VITEK、Biolog等，其原理也是依據(jù)微生物的生理生化特性，有所區(qū)別的就是它采用了大量的微生物種屬去進行建庫，利用統(tǒng)計學(xué)的一些手段，對未知的微生物進行打分，確定其相關(guān)種屬。通常可鑒定包括需氧細(xì)菌、厭氧細(xì)菌、酵母菌和絲狀真菌在內(nèi)的2000余種微生物，幾乎涵蓋了微生物學(xué)不同領(lǐng)域中比較重要的菌種，所涉及領(lǐng)域包括制藥、生物技術(shù)、化妝品、獸醫(yī)和臨床醫(yī)學(xué)、農(nóng)業(yè)和環(huán)境科學(xué)、食品加工和安全，也可應(yīng)用于微生物代謝、特性和群落等的分析研究。
飛行時間質(zhì)譜，也就是我們常叫的飛行質(zhì)譜，其原理是利用基質(zhì)輔助激光解析電離方法得到待測樣品分子離子，通過測得待測微生物的肽質(zhì)量指紋圈譜（PMF)，并將其與數(shù)據(jù)庫中的微生物標(biāo)準(zhǔn)指紋圖譜進行匹配檢索，從而完成鑒定（可鑒定至種或?qū)伲?。該儀器適用于絕大多數(shù)的微生物鑒定，可同時鑒定細(xì)菌及真菌，相對于傳統(tǒng)方法，具有更加快速準(zhǔn)確、高通量檢測、操作簡單、成本低（鑒定數(shù)量大的情況）的優(yōu)勢。
飛行時間質(zhì)譜，也就是我們常說的飛行質(zhì)譜，其原理是利用基質(zhì)輔助激光解析電離方法得到待測樣品分子離子，通過測得待測微生物的肽質(zhì)量指紋圖譜（PMF)，并將其與數(shù)據(jù)庫中的微生物標(biāo)準(zhǔn)指紋圖譜進行匹配檢索，從而完成鑒定（可鑒定至種或?qū)伲Ｔ搩x器適用于絕大多數(shù)的微生物鑒定，可同時鑒定細(xì)菌及真菌，相對于傳統(tǒng)方法，具有更加快速準(zhǔn)確、高通量檢測、操作簡單、成本低（鑒定數(shù)量大的情況）的優(yōu)勢。
對于已知鑒定目標(biāo)的項目，可以采用商業(yè)化的試劑盒來進行操作，不管是普通PCR還是熒光PCR都可以，根據(jù)自己的需要采用合適的就可以。因為大多數(shù)的目標(biāo)基因序列都已公開，且在一些官方機構(gòu)或標(biāo)準(zhǔn)文獻中給出了相應(yīng)的引物序列及探針，因此大家可以放心使用。
而對于一些未知的、你又想知道是什么種屬的微生物，就要采用另外的手段來進行了，比如我們常聽說的16s rRNA鑒定。
60年代末 , Woese CR開始采用寡核苷酸編目法對生物進行分類，依據(jù)16s rRNA序列繪制進化樹，將地球上的細(xì)胞生物分為了三個域，即古生菌、細(xì)菌和真核生物。而所謂的16s rRNA就是指核糖體RNA，因為其功能同源且最為古老、既含保守序列又有可變序列、大小最適合做進化分析，所以一般細(xì)菌鑒定用其作為分析對象。目前各大研究所、院校及疾控等有實力的實驗室都有開展16s rRNA鑒定未知微生物的實驗。
具體方法為：提取目標(biāo)菌的全基因組DNA，使用通用引物對其進行擴增，將擴增好的16s rRNA的DNA序列連接到特定的質(zhì)粒載體上進行測序，然后以16s rRNA數(shù)據(jù)庫中的序列進行比對，進而確認(rèn)其種屬。
該方法鑒定指標(biāo)單一明確，就是以16s rRNA為基準(zhǔn)，因此準(zhǔn)確性高，可鑒定種屬龐大，但也有極個別不太適用的種屬，比如乳酸菌屬。
看完了這些，相信各位看家應(yīng)該對微生物鑒定這塊有了一個大致的了解，后續(xù)想知道更詳細(xì)的關(guān)于微生物方面的知識，還請繼續(xù)關(guān)注北京陸橋！
參考文獻：
R.E.布坎南,N.E.吉本斯等.伯杰細(xì)菌鑒定手冊(第八版)[M].北京:科學(xué)出版社,1984.
程池,楊梅,李金霞,等.Biolog微生物自動分析系統(tǒng)-細(xì)菌鑒定操作規(guī)程的研究[J].食品與發(fā)酵工業(yè),2006,23(5):50～54
周煜. 16S rRNA序列分析法在醫(yī)學(xué)微生物鑒定中的應(yīng)用[J]. 生物技術(shù)通訊, 1999(04):297-305.